De Hoge Raad-organisatie bestaat uit drie zelfstandige onderdelen: de raad, het parket en de bedrijfsvoering. Zie ook het organogram van de Hoge Raad.
Het interne bestuur
De interne bestuursstructuur van de Hoge Raad-organisatie is vastgelegd in een statuut. Dit statuut legt de vertegenwoordiging van de raad, het parket en de bedrijfsvoering vast in het bestuur van de Hoge Raad en regelt de bevoegdheden en verantwoordelijkheden van de bestuursorganen. Het interne bestuur bestaat uit:
- het dagelijks bestuur, bestaande uit de president, de procureur-generaal of de plaatsvervangend procureur-generaal en de directeur bedrijfsvoering en;
- het algemeen bestuur, bestaande uit de president, de procureur-generaal, de plaatsvervangend procureur-generaal, de voorzitters van de sectoren (straf, civiel, belasting) en de directeur bedrijfsvoering.
De griffier treedt op als secretaris voor het dagelijks bestuur en het algemeen bestuur.
Het beheer
De Hoge Raad valt niet onder het bereik van de Raad voor de rechtspraak. Waar de Raad voor de rechtspraak sinds 1 januari 2002 verantwoordelijk is geworden voor het beheer van de rechtbanken en de gerechtshoven, is een uitzondering gemaakt voor de Hoge Raad. Deze uitzondering vindt zijn grond in de bijzondere positie van de Hoge Raad in het Nederlands staatsbestel. In een op 22 mei 2002 gesloten convenant is de relatie tussen het ministerie van Justitie en de Hoge Raad op het terrein van de bedrijfsvoering nader geregeld. De Hoge Raad heeft een duale bestuursstructuur. Dat betekent dat rechterlijk beleid en bedrijfsvoering van elkaar gescheiden zijn. Daardoor geldt enerzijds een eigen verantwoordelijkheid van de onafhankelijke leden van raad en parket voor het rechterlijk beleid, terwijl anderzijds de beheersmatige verantwoordelijkheid aan de directeur bedrijfsvoering is opgedragen. De directeur bedrijfsvoering heeft daartoe mandaat gekregen van de minister van Justitie.