De onrust binnen FNV heeft ook invloed op het bestuur en de raad van toezicht. Het bestuur van FNV is in maart 2025 teruggetreden. Vervolgens is een interim-bestuur benoemd, maar die benoeming is kort daarop niet verlengd. Halverwege mei 2025 is een tweede interim-bestuur benoemd. De raad van toezicht bestaat op dit moment uit één lid nadat eind mei 2025 twee van de drie leden zijn opgestapt.
 
Deze gebeurtenissen hebben plaatsgevonden tegen de achtergrond van verkiezingen voor een nieuw algemeen en dagelijks bestuur van FNV. FNV zou deze verkiezingen organiseren in maart 2025, maar dit is al twee keer uitgesteld. Daarbij speelt een rol dat FNV aan externe bureaus opdracht heeft gegeven om onderzoek te doen naar de situatie binnen de vereniging. De resultaten van deze onderzoeken kunnen van belang zijn voor het vertrouwen in de verkiezingen en de kandidaten.
 
De Ondernemingskamer concludeert dat de diverse onderdelen van FNV er niet in slagen het conflict in onderling overleg op te lossen en dat FNV als gevolg daarvan op dit moment niet kan beschikken over een bestuur met een voldoende draagvlak. Ook is er op dit moment onvoldoende vertrouwen in het verkiezingsproces dat zou moeten leiden tot een nieuw bestuur. 

De Ondernemingskamer oordeelt dat de gebrekkige interne organisatie, de bestuurlijke crisis en het ontbreken van vertrouwen in de verkiezingen gegronde redenen opleveren om te twijfelen aan een juist beleid en een juiste gang van zaken van FNV. Daarom beveelt zij een onderzoek (enquête).
 
Ook oordeelt de Ondernemingskamer dat het door de huidige toestand van FNV noodzakelijk is om maatregelen te treffen. Zij benoemt daarom tijdelijk twee nieuwe leden in de raad van toezicht van FNV, met de genoemde bijzondere taken. Bij het vormgeven van verkiezingen voor een nieuw algemeen en dagelijks bestuur en een nieuwe voorzitter mogen de nieuwe leden van de raad van toezicht ook beslissen over de timing daarvan en over een inperking of uitbreiding van de kandidatenlijst. De namen van de nieuwe leden van de raad van toezicht worden zo snel mogelijk bekend gemaakt.