De rechtbank oordeelt dat het college toereikend heeft onderbouwd dat op de locaties waar het faunabeheerplan op ziet in zijn algemeenheid schade niet voldoende kan worden voorkomen door het nemen van proportionele alternatieve maatregelen. Er wordt dus niet ontkomen aan het beheren van konijnen door afschot. Maar dit betekent niet dat direct tot afschot kan worden overgegaan. Zoals in het faunabeheerplan staat, moet in concrete gevallen eerst naar alternatieve maatregelen worden gekeken. Afschot kan alleen worden uitgevoerd als de beheerder een plan van aanpak maakt dat vervolgens wordt goedgekeurd door de faunabeheereenheid. Onderdeel daarvan is de verplichte inzet van werende en verjagende middelen, als dit mogelijk is.
De rechtbank oordeelt dat het faunabeheerplan geen kaders of instructies voor de faunabeheereenheid bevat om het plan van aanpak van een beheerder te kunnen beoordelen. Hierdoor is onvoldoende verzekerd dat andere oplossingen goed worden afgewogen, voordat er toestemming komt voor het door afschot doden van konijnen. Daar komt bij dat het college het bevoegd gezag is, maar geen toezicht houdt op de manier waarop de faunabeheereenheid het plan van aanpak beoordeelt. De rechtbank oordeelt dat het besluit tot goedkeuring van het faunabeheerplan onvoldoende is gemotiveerd. Daaruit volgt dat ook het ontheffingsbesluit onvoldoende is gemotiveerd. De beroepen van de stichtingen zijn daarom gegrond.
Het college moet binnen 12 weken opnieuw beslissen op de bezwaren van de stichtingen tegen de goedkeuring van het faunabeheerplan en opnieuw beslissen op de aanvraag van de faunabeheereenheid voor een ontheffing. Dit alles met inachtneming van deze uitspraak.