Het gebouwencomplex aan het Binnenhof in Den Haag wordt gerenoveerd om onder meer te zorgen voor een veilige en gezonde werkplek voor de gebruikers. Het project bestaat uit een groot aantal werkzaamheden die plaatsvinden gedurende een aantal jaren. Na afronding wordt het Binnenhof weer in gebruik genomen. De renovatie en het gebruik van het Binnenhof zorgen voor stikstofemissies die neerdalen op nabijgelegen Natura 2000-gebieden. Toen met de werkzaamheden werd begonnen, gold de zogenoemde partiële bouwvrijstelling, waardoor geen natuurvergunning nodig was. De Raad van State oordeelde echter op 2 november 2022 dat deze bouwvrijstelling niet mag worden toegepast. Hierdoor was voor de renovatie voor het Binnenhof alsnog een natuurvergunning nodig.

Gedeputeerde Staten van Zuid-Holland hebben een natuurvergunning verleend voor de renovatiewerkzaamheden en voor het gebruik van het Binnenhof na de renovatie. De stikstofdepositie als gevolg van de renovatiewerkzaamheden zorgt niet voor aantasting van Natura 2000-gebieden. Gedeputeerde Staten hebben verder de stikstofdepositie die vrijkomt bij het gebruik van het Binnenhof na de renovatie, weggestreept tegen de stikstofdepositie die al plaatsvond door het gebruik van het Binnenhof vóór de renovatie. Dit wordt intern salderen genoemd. Door twee uitspraken van de Raad van State van 18 december 2024, is echter het beoordelingskader voor intern salderen strenger geworden. Bij het verlenen van de natuurvergunning hebben Gedeputeerde Staten niet getoetst of het intern salderen voldoet aan de strengere eisen. Dit betekent dat de natuurvergunning niet zorgvuldig is voorbereid en niet goed is gemotiveerd. De natuurvergunning wordt daarom vernietigd.

Nadat de natuurvergunning is verleend, is alsnog onderzocht of de stikstofdepositie door het gebruik van het Binnenhof na de renovatie kan zorgen voor aantasting van Natura 2000-gebieden. In dit onderzoek is geen gebruik gemaakt van intern salderen; de stikstofeffecten van het gebruik van het Binnenhof zijn in hun geheel beoordeeld en niet weggestreept tegen de stikstofdepositie die al plaatsvond in de oude situatie voor de renovatie. Uit dit onderzoek volgt dat ook het gebruik van het Binnenhof na de renovatie niet zorgt voor aantasting van Natura 2000-gebieden. Dit betekent dat alsnog is gemotiveerd dat de natuurvergunning kon worden verleend. De rechtbank oordeelt daarom dat de rechtsgevolgen van de vernietigde natuurvergunning in stand blijven. Dit betekent dat de renovatiewerkzaamheden door kunnen gaan en dat het Binnenhof na de renovatie mag worden gebruikt. 

De rechtbank heeft ook uitspraak gedaan in een handhavingszaak die is aangespannen voordat de natuurvergunning is verleend. Daarover oordeelt de rechtbank dat Gedeputeerde Staten de werkzaamheden die vóór het verlenen van de natuurvergunning werden uitgevoerd niet stop hoefden te zetten. Het ging alleen om het afmaken van voorbereidende werkzaamheden en met de echte renovatiewerkzaamheden zou worden gewacht tot de natuurvergunning in orde was. Deze voorbereidende werkzaamheden zorgden slechts voor een kleine stikstofdepositie op het Natura 2000-gebied 'Meijendel & Berkheide' en slechts voor een korte tijd, omdat de voorbereidende werkzaamheden op 1 juli 2023 klaar zouden zijn. Het stopzetten van de voorbereidende werkzaamheden zou tot vertraging leiden en voor grote financiële schade zorgen. Gedeputeerde Staten hebben onder deze omstandigheden het onevenredig mogen vinden om de voorbereidende werkzaamheden stop te zetten.