Veehouders moeten een mestboekhouding voeren, waarin zij productie, afvoer en opslag van mest verantwoorden Als die boekhouding niet sluit dan vormt dat een aanwijzing voor mestfraude, maar er kunnen ook andere oorzaken zijn voor de niet sluitende boekhouding. De mestboekhouding omvat cijfers over fosfaat en stikstof, de milieubelastende stoffen in mest. Die cijfers zijn gebaseerd op een mix van forfaits, de hoeveelheid afgevoerde stoffen, monsternemingen en metingen. Omdat stikstof vervliegt en fosfaat bezinkt, is het nodig om de gebruikte cijfers te corrigeren. Ook kunnen allerlei onnauwkeurigheden en (meet-)fouten optreden. De minister hanteert marges om te voorkomen dat hij voor een papieren overtreding (hoge) boetes oplegt, terwijl er geen sprake is van laakbaar gedrag. De beboete veehouders betwisten dat zij hun mest illegaal hebben gedumpt of verhandeld en wijzen op hun hoge transportkosten en de ongerijmdheid van uitkomsten van de berekeningen.
