Jonneke begon in 1988 haar juridische loopbaan als advocaat. In 2000 maakte ze de switch naar de rechtspraak, bij de toenmalige rechtbank Utrecht. Vanaf 2004 had ze daar verschillende leidinggevende functies. In 2016 ging Jonneke aan de slag als bestuurslid in het gerechtshof Arnhem-Leeuwarden. Naast dat ze bestuurder was, bleef ze zittingen doen zowel in Arnhem als in Leeuwarden.