Het primaire proces is ondergebracht in de afdelingen Privaatrecht en Publiekrecht. De teams familie & jeugd, handel, kort geding, insolventie en kanton vallen onder de afdeling Privaatrecht. De teams strafrecht en bestuursrecht vallen onder de afdeling Publiekrecht.
Naast de juridische afdelingen kent de rechtbank Amsterdam een Stafdienst en een afdeling Facilitaire Ondersteuning en Beveiliging (FO&B).