Het gerechtsbestuur is belast met de algemene leiding, de organisatie en de bedrijfsvoering van de rechtbank. De samenstelling van het bestuur is vastgelegd in de Wet op de Rechterlijke Organisatie. De bestuursleden worden bij Koninklijk Besluit voor een periode van zes jaar benoemd.

Het primaire proces is ondergebracht in de afdelingen Privaatrecht en Publiekrecht. De teams familie & jeugd, handel, kort geding, insolventie en kanton vallen onder de afdeling Privaatrecht. De teams strafrecht en bestuursrecht vallen onder de afdeling Publiekrecht.

Naast de juridische afdelingen kent de rechtbank Amsterdam een Stafdienst en een afdeling Facilitaire Ondersteuning en Beveiliging (FO&B).