De Faunabescherming en de Stichting Dierenradar zijn tegen die vrijstelling in bezwaar gegaan. Volgens deze organisaties is het doden van knobbelzwanen niet noodzakelijk. GS heeft volgens hen de keuze voor het doden van de dieren en de middelen die daarvoor kunnen worden ingezet, onvoldoende onderbouwd. Bovendien bestaat het gevaar dat ook kleine zwanen, een beschermde soort waarvoor de vrijstelling niet geldt, worden afgeschoten.