Intern salderen is het bij nieuwe projecten wegstrepen van stikstof tegen de stikstof die het oude project op die locatie al veroorzaakte (de referentiesituatie). De wijziging die voortkomt uit de uitspraken van de Raad van State houdt kort gezegd in dat de referentiesituatie niet meer mag worden betrokken bij de zogeheten voortoets. Die toets houdt in dat eerst wordt onderzocht of een project na uitbreiding of wijziging significante gevolgen heeft voor beschermde natuurgebieden. Als dat zo is, dan is voor het project een natuurvergunning nodig. Door de uitspraken van de Raad van State zal vaker een natuurvergunning moeten worden aangevraagd.
Bij de beoordeling van de vraag of de natuurvergunning verleend kan worden (de passende beoordeling), mag nog wel intern worden gesaldeerd, al wordt die mogelijkheid door de uitspraken van de Raad van State beperkter dan voorheen. De beperking doet zich voor in de situatie waarin het bedrijf eerder geen natuurvergunning had, maar wel een toestemming op grond van milieuregels.