De rechtbank oordeelt dat de minister de bestaande rechten van Schiphol correct in kaart heeft gebracht. Ook de stikstofneerslag die al plaatsvond op grond van deze bestaande rechten – op een klein onderdeel na – en in de situatie waarvoor de natuurvergunning is aangevraagd, is op de juiste wijze berekend.
Bij het wegstrepen van stikstofneerslag van de aangevraagde situatie tegen de stikstofneerslag vanwege de bestaande rechten (intern salderen) heeft de minister echter niet onderzocht of eventuele stikstofwinst niet eerst naar natuurherstel moet gaan voordat die voor Schiphol kan worden ingezet (additionaliteitsvereiste). De minister had moeten motiveren dat al voldoende maatregelen zijn getroffen om te verzekeren dat kwetsbare natuurgebieden behouden blijven of om te voorkomen dat ze verder verslechteren. Dat dat niet is gebeurd is verklaarbaar, omdat dit vereiste geldt sinds de uitspraken van 18 december 2024. Het had echter wel (alsnog) gedaan moeten worden. Dat het niet is gedaan, is een gebrek in het besluit.
Voor het verlenen van de natuurvergunning is ook gebruik gemaakt van extern salderen. Hiervoor zijn negen agrarische bedrijven aangekocht waarvan de stikstofrechten zijn gebruikt om de exploitatie van Schiphol mogelijk te maken. Ook daarvoor geldt het additionaliteitsvereiste. De minister had moeten motiveren dat de stikstofrechten niet al nodig zijn voor natuurherstel, voordat deze rechten door Schiphol mochten worden gebruikt. Ook bij het extern salderen heeft de minister dit onvoldoende gemotiveerd.
Tot slot is ten aanzien van drie natuurgebieden onvoldoende onderzoek gedaan naar de toename van geluidbelasting door vliegtuigen en de gevolgen daarvan voor diersoorten in dat gebied.