De minister voor Natuur en Stikstof (tegenwoordig: de staatssecretaris van Landbouw, Visserij, Voedselzekerheid en Natuur) heeft in 2023 een natuurvergunning verleend voor de exploitatie van luchthaven Schiphol. Die vergunning is nodig omdat de exploitatie van Schiphol mogelijk significante gevolgen heeft voor natuurgebieden in de omgeving van de luchthaven. Die gevolgen bestaan onder andere uit de neerslag van stikstof op natuur die hiervoor gevoelig is en waarop al te veel stikstof neerslaat. Ook kunnen overvliegende vliegtuigen leiden tot verstoring van beschermde diersoorten. De natuurvergunning gaat dus niet over de gevolgen voor omwonenden van Schiphol.

Voor de natuurvergunning moest worden onderzocht of de activiteit de beschermde natuur aantast. Daarbij zijn de gevolgen van Schiphol in de aangevraagde situatie (maximaal 500.000 vliegtuigbewegingen) vergeleken met de gevolgen die Schiphol al mocht veroorzaken op grond van bestaande rechten die in het verleden aan Schiphol zijn verleend (de referentiesituaties). Daarbij is een onderscheid gemaakt tussen natuurgebieden die zijn aangewezen vóór 2003 en natuurgebieden die zijn aangewezen na 2003. Bij natuurgebieden die zijn aangewezen vóór 2003 heeft de minister aangenomen dat de bestaande rechten bestonden uit 460.000 vliegtuigbewegingen per jaar. Bij gebieden die zijn aangewezen na 2003 waren dit volgens de minister 480.000 vliegtuigbewegingen per jaar.

De minister heeft vervolgens een vergelijking gemaakt, waarbij de gevolgen van Schiphol in de aangevraagde situatie met maximaal 500.000 vluchten zijn weggestreept tegen de gevolgen die al konden plaatsvinden op grond van de bestaande rechten. Dit wordt intern salderen genoemd. Over dit intern salderen heeft de Raad van State op 18 december 2024  twee belangrijke uitspraken gedaan. Met die uitspraken zijn de regels voor intern salderen aangescherpt. Deze regels zijn ook van toepassing in deze zaak. 

De rechtbank oordeelt dat de minister de bestaande rechten van Schiphol correct in kaart heeft gebracht. Ook de stikstofneerslag die al plaatsvond op grond van deze bestaande rechten – op een klein onderdeel na –  en in de situatie waarvoor de natuurvergunning is aangevraagd, is op de juiste wijze berekend.

Bij het wegstrepen van stikstofneerslag van de aangevraagde situatie tegen de stikstofneerslag vanwege de bestaande rechten (intern salderen) heeft de minister echter niet onderzocht of eventuele stikstofwinst niet eerst naar natuurherstel moet gaan voordat die voor Schiphol kan worden ingezet (additionaliteitsvereiste). De minister had moeten motiveren dat al voldoende maatregelen zijn getroffen om te verzekeren dat kwetsbare natuurgebieden behouden blijven of om te voorkomen dat ze verder verslechteren. Dat dat niet is gebeurd is verklaarbaar, omdat dit vereiste geldt sinds de uitspraken van 18 december 2024. Het had echter wel (alsnog) gedaan moeten worden. Dat het niet is gedaan, is een gebrek in het besluit.

Voor het verlenen van de natuurvergunning is ook gebruik gemaakt van extern salderen. Hiervoor zijn negen agrarische bedrijven aangekocht waarvan de stikstofrechten zijn gebruikt om de exploitatie van Schiphol mogelijk te maken. Ook daarvoor geldt het additionaliteitsvereiste. De minister had moeten motiveren dat de stikstofrechten niet al nodig zijn voor natuurherstel, voordat deze rechten door Schiphol mochten worden gebruikt. Ook bij het extern salderen heeft de minister dit onvoldoende gemotiveerd.

Tot slot is ten aanzien van drie natuurgebieden onvoldoende onderzoek gedaan naar de toename van geluidbelasting door vliegtuigen en de gevolgen daarvan voor diersoorten in dat gebied. 

De rechtbank heeft vandaag ook uitspraak gedaan op de weigering om handhavend op te treden ten aanzien van Schiphol. Dit handhavingsverzoek werd ingediend voordat Schiphol over de natuurvergunning beschikte. De rechtbank oordeelt dat de minister terecht heeft besloten om niet handhavend op te treden. Op het moment van beslissen, was de natuurvergunning immers wel verleend. Dat betekent dat er op dat moment geen overtreding was van de wet. Dat deze natuurvergunning met de uitspraak van vandaag is vernietigd, betekent niet dat de minister destijds een onjuist besluit heeft genomen.