Om de bomen te kunnen kappen is een ontheffing voor soortenbescherming op grond van de Wet natuurbescherming nodig. De provincie Gelderland verleende deze ontheffing voor verschillende diersoorten, waaronder vleermuizen, de das en het vliegend hert (een keversoort). Paleis Het Loo moest verschillende maatregelen nemen om onder meer de vliegroutes van de vleermuizen bruikbaar te houden en voortplantingsperioden van de beschermde dieren niet te verstoren.