In de Noordzee liggen de Natura 2000-gebieden Friese Front, Klaverbank en Doggersbank. Deze gebieden zijn beschermd vanwege de aanwezigheid van bijzondere natuur, dier- en plantsoorten.

De Wet natuurbescherming (Wnb) verplicht de minister van Infrastructuur en Waterstaat om voor deze gebieden zogenoemde beheerplannen vast te stellen. Daarin moet in ieder geval staan welke maatregelen er nodig zijn om de doelen die zijn gesteld voor beschermde gebieden te behalen. Deze doelen worden instandhoudingsdoelstellingen genoemd.

Daarnaast kan de minister in een beheerplan ook activiteiten toestaan die niet nodig zijn voor het behalen van de instandhoudingsdoelstellingen. Hij moet dan op grond van de Wnb wel 'de zekerheid hebben' dat deze  activiteiten niet nadelig zijn  voor het behalen van de instandhoudingsdoelstellingen van de natuurgebieden. Als een  activiteit is opgenomen in een beheerplan is voor de uitvoering van deze activiteit  geen afzonderlijke Wnb-vergunning meer vereist. 

In de drie beheerplannen heeft de minister verschillende activiteiten toegestaan die niet nodig zijn voor het behalen van de instandhoudingsdoelstellingen voor de drie natuurgebieden. Dat gaat bijvoorbeeld om de normale bedrijfsvoering van bestaande mijnbouwinstallaties, het onderhoud van in de gebieden aanwezige kabels en leidingen en verschillende militaire activiteiten, zoals schiet(oefening)en, het opruimen van explosieven en het gebruik van sonar. 

De rechtbank oordeelt dat de minister voor de meeste vrijgestelde activiteiten waartegen de beroepen zijn gericht niet heeft voldaan aan de eisen uit de Wet natuurbescherming. Het onderzoek dat de minister heeft verricht bevat nog te veel onzekerheden over de effecten van de activiteiten.

Verder is bij verschillende activiteiten niet  duidelijk onder welke voorwaarden de minister deze activiteiten toestaat. Omdat de Wnb op die punten strenge eisen stelt aan de minister, verklaart de rechter de beroepen van de twee stichtingen gegrond. Ze vernietigt daarmee de vrijstellingen voor deze activiteiten. Als de minister de activiteiten toch wil toestaan moet de minister meer onderzoek verrichten naar de effecten van deze activiteiten. Dat geldt niet voor het onderhoud aan de kabels en leidingen, omdat de rechtbank op dat punt wel het standpunt van de minister volgt.