GS hebben die verzoeken om intrekking afgewezen en daartegen zijn de natuurorganisaties in beroep gegaan. De rechtbank geeft GS gelijk. De rechtbank wijst er daarbij op dat zij alleen in de individuele zaken een uitspraak kan doen en dus niets kan vinden over de algemene vraag of de provincie wel genoeg doet om alle Natura 2000 gebieden in en buiten de provincie tegen stikstof te beschermen. In de individuele zaken komt het vooral aan op een belangenafweging: aan de ene kant het belang van het agrarische bedrijf bij het behouden van de verleende vergunning en aan de andere kant het natuurbelang. Alleen als het intrekken van de vergunning echt nodig is omdat anders het natuurgebied sterk verslechtert, moet het agrarische bedrijf het onderspit delven. 

GS hebben uiteindelijk voldoende gemotiveerd dat het niet nodig is om deze vergunningen in te trekken. Er zijn namelijk voor de betreffende Natura 200 gebieden al diverse concrete en effectieve maatregelen genomen, met een concreet tijdpad. Dit gaat bijvoorbeeld over verschillende regelingen voor het opkopen en stoppen van veehouderijen, waar gebruik van is gemaakt. Ook is duidelijk gemaakt in hoeverre deze maatregelen de stikstofuitstoot verminderen. GS hebben dit vergeleken met de recent berekende, relatief kleine stikstofuitstoot van de twee agrarische bedrijven en aangetoond dat de uitstoot door de genomen maatregelen al afneemt. Dat betekent dat intrekken van de vergunningen niet nodig is. 

De beroepen zijn overigens wel gegrond verklaard omdat GS in de genomen besluiten nog onvoldoende gemotiveerd hadden waarom het intrekken van deze vergunningen niet nodig was. Omdat dit in de beroepsprocedure alsnog voldoende gemotiveerd is, laat de rechtbank de rechtsgevolgen van de besluiten in stand. Dat betekent dat de natuurvergunningen niet ingetrokken hoeven te worden en dus blijven gelden.