Omdat bij de exploitatie van de railterminal stikstof wordt uitgestoten en dit effect kan hebben op de omliggende Natura 2000-gebieden is een natuurvergunning nodig. Voor de aanvraag van die natuurvergunning heeft de exploitant ammoniakrechten opgekocht van de Vliegenkamp, een voormalig agrarisch bedrijf in Velden. Door de opkoop zou de totale stikstofdepositie van de railterminal en de Vliegenkamp op de omliggende Natura 2000-gebieden worden verkleind. Gedeputeerde Staten vonden de stikstofdepositie van de railterminal na deze zogeheten externe saldering dusdanig laag dat zij de natuurvergunning hebben verleend. 

Stichting Werkgroep Behoud de Peel en Vereniging Behoud de Parel kwamen tegen de vergunningverlening in beroep. De rechtbank geeft hun nu gelijk. Gedeputeerde Staten hebben namelijk onvoldoende gemotiveerd dat de stikstofdepositie veroorzaakt door de dieren die voorheen op de Vliegenkamp werden gehouden, mocht worden ingezet voor externe saldering.

De Vliegenkamp was al in 2012 door de provincie Limburg aangekocht voor de ontwikkeling van natuurgebied Schandelo ’t Hanik. Sindsdien stonden de stallen leeg. Externe saldering is op zich toegestaan met de ammoniakrechten van een agrarisch bedrijf waar geen vee staat, als het agrarische bedrijf maar wel kan worden hervat zonder dat een nieuwe natuurvergunning nodig is. De rechtbank is er echter niet van overtuigd geraakt dat hervatting van het agrarische bedrijf van de Vliegenkamp zonder natuurvergunning mogelijk is. Om die reden vernietigt de rechtbank de natuurvergunning.