De rechtbank vindt dat het onderzoek van Gedeputeerde Staten niet voldoende is voor de conclusie dat er geen natuurvergunning nodig is. Gedeputeerde Staten hebben hun conclusie namelijk voor een deel gebaseerd op aannames en steekproeven. Ze hebben niet onderzocht of de veehouderijen echt aan de voorwaarden voldoen.
De Gedeputeerde Staten vinden dat ze met het verrichte onderzoek konden volstaan omdat de natuurorganisaties niet hebben bewezen dat een of meer veehouderijen een natuurvergunning nodig hebben. De rechtbank gaat niet mee in dat standpunt. Bij handhavingsverzoeken, zoals de natuurorganisaties hebben gedaan, ligt het op de weg van Gedeputeerde Staten om te onderzoeken of sprake is van een overtreding, oordeelt de rechtbank.
De rechtbank oordeelt dan ook dat Gedeputeerde Staten alsnog meer onderzoek moeten verrichten en opnieuw op de handhavingsverzoeken van de natuurorganisaties moeten beslissen.