Een aantal argumenten dat de behartigers van milieubelangen tegen de verleende vergunning heeft aangevoerd slaagt niet, maar twee ervan wel. De rechtbank concludeert ten eerste dat ten onrechte geen rekening is gehouden met de stikstofeffecten van de beweiding van het vee. Het uitgangspunt van Gedeputeerde Staten dat dat in dit geval ook niet hoeft omdat de stikstofeffecten van beweiding van vee altijd gunstiger zijn dan de stikstofeffecten van vee dat in de stal staat, volgt de rechtbank niet.
Ten tweede concludeert de rechtbank dat een te lage emissiefactor is gebruikt om de stikstof-effecten van het nieuwe stalsysteem te berekenen. Voor het verlenen van een Wet natuurbeschermingsvergunning moet zeker zijn dat de stikstofemissie ten opzichte van de oude situatie niet toeneemt. Door te rekenen met de gemiddelde en afgeronde getallen uit de Regeling ammoniak en veehouderij, is die zekerheid er nu niet.
Om deze twee redenen vernietigt de rechtbank de verleende vergunning. Gedeputeerde Staten krijgen de opdracht om opnieuw een besluit te nemen over de verlening van de aangevraagde vergunning en moeten daarbij rekening houden met de uitspraak van de rechtbank.