Een groot aantal agrariërs dat hun bedrijf in de regio van de Natura 2000-gebieden heeft, stapte daarop naar de rechter. Zij vrezen kort gezegd voor de gevolgen van deze wijziging voor hun bedrijven. Bij alle rechtbanken in Nederland lopen rechtszaken. Vandaag doet de rechtbank Oost-Brabant uitspraak in de zaken die hier lopen. De agrariërs in deze zaken stellen onder meer dat de minister niet alle relevante stukken die nodig zijn voor de beoordeling van het ontwerpbesluit en het definitieve besluit ter inzage heeft gelegd. De zogeheten habitattypenkaarten en het documentatiemateriaal waarop de kaarten zijn gebaseerd, waren niet openbaar beschikbaar. Een habitattypenkaart maakt zichtbaar waar de beschermde waarden in een Natura 2000-gebied zich concreet bevinden (en waar niet).
Ook stellen de agrariërs dat het hen onmogelijk wordt gemaakt om te procederen tegen het wijzigingsbesluit, omdat onduidelijk is op welke habitattypenkaarten het besluit is gebaseerd. Daarmee is ook onduidelijk waar de toegevoegde habitattypen in het gebied voorkomen of zijn voorgekomen en kan dat niet worden gecontroleerd.
