Bij het bepalen van de stikstofgevolgen voor de natuurgebieden, is gebruik gemaakt van een rekenmodel (AERIUS Calculator 2021). In de nieuwe natuurvergunningen voor de projecten heeft de gemeente wél berekend wat de gevolgen zijn van het toekomstige gebruik van de haven en de andere projecten, maar dat heeft ze niet gedaan voor het daadwerkelijk realiseren, van de projecten, concludeert de rechtbank. De stichting voert terecht aan dat de gemeente dit wel had moeten doen. 

De rechtbank oordeelt verder dat alleen gebruik mag worden gemaakt van intern en extern salderen, zoals de gemeente in haar berekening deed, maar alleen als er aan bepaalde voorwaarden is voldaan. Volgens de rechtbank legt de provincie onder meer onvoldoende uit dat er rondom het extern salderen aan die voorwaarden is voldaan. 

De provincie zal per Natura 2000-gebied moeten aangeven hoe het ermee gaat. Als er sprake is van verslechtering, moet de gemeente uitleggen hoe deze verslechtering tijdig wordt voorkomen. Zij moet tevens aannemelijk maken of er sprake is van een daling van de stikstofneerslag op de verschillende natuurgebieden. 

Binnen twee weken moet de provincie laten weten of ze met het herstellen van de gebreken aan de slag gaat. De partijen krijgen daarna eerst de mogelijkheid om te reageren op de herstelbesluiten van de provincie.