De rechtbank oordeelt dat de provincie onterecht meerdere natuurvergunningen aan veehouders afgaf voor het houden van vee in stallen. De provincie verleent zo’n natuurvergunning alleen als een goede beoordeling is gemaakt van de gevolgen die het houden van het vee heeft voor de Natura 2000-gebieden die rond het bedrijf liggen. In de meeste gevallen oordeelt de rechtbank dat niet met zekerheid kan worden gezegd dat het houden van het vee de Natura 2000-gebieden niet zal aantasten. De meeste veehouders willen hun stallen voorzien van emissiearme stalsystemen. In theorie leidt het houden van vee in zulke stallen tot een lagere stikstofuitstoot dan het houden van vee in een gewone stal. Daarom is de provincie hierbij uitgegaan van lagere emissiefactoren. 

Volgens de provincie hebben veehouders geen natuurvergunning nodig voor het beweiden en bemesten, omdat kan worden uitgesloten dat deze activiteiten significant negatieve effecten hebben op nabijgelegen Natura-2000 gebieden. De provincie heeft de handhavingsverzoeken MOB/VL daarom afgewezen. MOB/VL zijn het hier niet mee eens en zijn daarom in beroep gegaan bij de rechtbank. De rechtbank oordeelt dat de provincie onvoldoende heeft onderzocht of het beweiden en bemesten significant negatieve effecten kan hebben op nabijgelegen Natura-2000 gebieden en daarom moet de provincie dit onderzoek alsnog doen. De rechtbank verklaart de beroepen van MOB/VL dan ook gegrond.

MOB/VL deden ook meerdere verzoeken bij de provincie om handhavend op te treden tegen agrarische activiteiten die plaatsvinden op basis van het voormalige Programma Aanpak Stikstof (PAS). Tussen 2015 en 2019 was op grond van het PAS voor activiteiten met een beperkte stikstofuitstoot geen vergunning nodig en konden veehouders volstaan met een melding bij bijvoorbeeld een uitbreiding van een veehouderij. In 2019 oordeelde de Raad van State dat het PAS niet als basis kon dienen om toestemming te geven voor activiteiten die stikstof uitstoten. MOB/VL zagen hierin aanleiding om de provincie te verzoeken om op te treden tegen deze veehouders. De provincie weigerde dit, onder andere omdat volgens de provincie de stikstofuitstoot van de veehouders verwaarloosbaar was en de ecologische effecten zeer klein zouden zijn. 

MOB/VL hebben de rechtbank gevraagd niet alleen in te gaan op de specifieke kwesties waar de beroepen over gaan, maar om ook in een breder perspectief iets te zeggen over de stikstofproblematiek. In de handhavingszaken hebben zij aangevoerd dat deze verzoeken niet gericht zijn op het laten beëindigen van (een deel van) de bedrijfsvoering van de veehouderijen. Zij willen er met deze zaken voor zorgen dat de stikstofproblematiek hoger op de politieke agenda komt. De rechtbank overweegt hierover in alle beslissingen dat zij alleen juridisch kijkt naar de voorgelegde zaken. De rechtbank wijst erop dat zij een controlerende taak heeft en geen bestuurlijke taak. Daarom heeft de rechtbank alleen een juridisch oordeel gegeven over de besluitvorming van de provincie in deze specifieke zaken.