In strafzaken kan een rechter-commissaris in actie komen. Tijdens het vooronderzoek neemt de rechter-commissaris beslissingen en neemt hij verhoren af. De rechter-commissaris is een onderzoeksrechter, hij zit geen zittingen voor.
Als de officier van justitie na afloop van de periode van inverzekeringstelling vindt dat een verdachte langer moet worden vastgehouden, dan wordt hij voorgeleid aan de rechter-commissaris. De rechter-commissaris verhoort de verdachte voordat hij een beslissing neemt.
De rechter-commissaris geeft ook toestemming aan de politie en de officier van justitie om bijzondere opsporingsmethoden te gebruiken, zoals het afluisteren van een telefoon. De rechter-commissaris kan ook zelf onderzoek (laten) verrichten om ervoor te zorgen dat de zittingsrechter alle informatie heeft om tot een vonnis te kunnen komen, bijvoorbeeld door het horen van getuigen.
