SIO startte in het schooljaar 2017/2018 de middelbare school Cornelius Haga Lyceum met ruim 40 leerlingen in het eerste leerjaar en kreeg hiervoor bekostiging van de rijksoverheid. De Inspectie van het Onderwijs schreef in oktober 2018 in een conceptrapport dat de school – kort gezegd – voldoende functioneert, met enkele aanbevelingen voor verbetering. 

In februari 2019 bracht inlichtingendienst AIVD een ambtsbericht naar buiten waarin het onder meer ging over de achtergronden van personen die betrokken zijn bij de school, waaronder informatie over hun banden met een terroristische groepering, het Kaukasus Emiraat. Ook stond in het ambtsbericht dat de leiders van de school de helft van het curriculum aan de salafistische geloofsleer wilden wijden en dat de leiders van plan waren om ook buiten reguliere lestijden scholieren onder hun invloedssfeer te brengen.

Naar aanleiding van de AIVD-berichtgeving is de situatie rond de school besproken in een Taskforce waarin verschillende ministeries en inlichtingendiensten zitten. De Taskforce besloot informatie uit de AIVD-berichtgeving openbaar te maken voor het einde van de inschrijvingsperiode voor het nieuwe schooljaar zodat ouders een goed geïnformeerde schoolkeuze voor hun kinderen konden maken. De NCTV verwees in maart 2019 in een brief aan de burgemeester van Amsterdam onder andere naar het bestaan van signalen dat richtinggevende personen binnen de school zich omringden met salafistische aanjagers en dat zij de helft van het curriculum aan de salafistische geloofsleer wilden wijden. Deze brief is dezelfde dag door de Staat openbaar gemaakt.

In sommige media werd de school daarna omschreven als 'haatschool' of als school waar leerlingen met de radicale islam worden geïndoctrineerd. Een dag na het versturen van de brief raadde de minister-president tijdens het wekelijkse vragenuurtje met de pers ouders af om hun kinderen in te schrijven bij de school. Hij herhaalde deze oproep tijdens die persconferentie nog driemaal in verschillende bewoordingen. 

De Inspectie van het Onderwijs concludeerde in mei 2019 in een gewijzigd rapport onder meer dat de school in onvoldoende mate afstand nam van personen met een omstreden reputatie. De inspectie baseerde zich op de door NCTV verstrekte profielen. Op basis van het inspectierapport concludeerde de minister voor Onderwijs dat het SIO bestuurlijk tekortschoot en dat het hele schoolbestuur moest worden vervangen omdat er sprake was van wanbeheer. De minister gaf daarop een zogenoemde aanwijzing. De Raad van State oordeelde in oktober 2022 dat er geen sprake van wanbeheer was.

Nadat het SIO de dagelijks bestuurder van het Cornelius Haga Lyceum in juni 2020 heeft ontslagen, is de relatie tussen het SIO en de overheid in rustiger vaarwater gekomen. De inspectie heeft in april 2021 geconstateerd dat zij een positieve indruk heeft gekregen van de kwaliteit van de lessen en maakt zich geen zorgen meer over de veiligheid van de leerlingen. In oktober 2021 heeft de minister voor Onderwijs publiekelijk erkend dat de zorgen over salafistische beïnvloeding van de leerlingen niet meer actueel zijn. 

De toezichthouder van de AIVD, de CTIVD, concludeerde eerder dat de berichtgeving van de inlichtingendienst op een aantal punten onrechtmatig was. De rechtbank komt tot ditzelfde oordeel. Deze onrechtmatige onderdelen zijn van wezenlijk belang voor de algehele strekking van de inhoud van de berichtgeving, vindt de rechtbank. Met de onrechtmatige passages wordt het beeld opgeroepen dat er sprake is van een ernstige en acute zorgwekkende situatie bij het SIO en de school, terwijl de aanwijzingen van de AIVD zagen op een situatie die mogelijk in de toekomst zou kunnen ontstaan. Het valt niet uit te sluiten dat, als de andere overheidsorganen op de hoogte waren geweest van de juiste context van de dreiging (een risico dat zich op termijn zou kunnen manifesteren), zij op een andere wijze zouden hebben gehandeld.

Het kan volgens de rechtbank niet anders, gelet op de brief die de NCTV in maart 2019 naar de burgemeester van Amsterdam stuurde en de uitspraken van de minister-president in het vragenuurtje met de pers, dan dat de Staat de groei van de school op oneigenlijke wijze wilde belemmeren.

De rechtbank oordeelt dat de Staat onrechtmatig heeft gehandeld in de periode van februari 2019 tot januari 2020. Na januari 2020 heeft de Staat de school niet meer in verband gebracht met het salafisme of de radicale islam in algemene zin. De onrechtmatige daad is daarmee geëindigd, oordeelt de rechtbank. Het is aannemelijk dat door het onrechtmatig handelen van de Staat het aantal inschrijvingen is achtergebleven bij de prognoses, en dat het SIO dus schade heeft geleden. De Staat moet het SIO daarvoor een nog nader op te maken vergoeding betalen.