De rechtbank Den Haag heeft een aantal bijzondere bevoegdheden.
Als enige rechtbank in Nederland is zij bevoegd in:

• Familiezaken betreffende o.m. buitenlandse akten van geboorte, huwelijk, registratie partnerschap en overlijden en vaststelling van overlijden van vermisten.
• Sommige internationale burgerlijke zaken waarin geen andere Nederlandse rechter bevoegd is.
• De overlevering van verdachten aan de bijzondere VN-tribunalen en het Internationaal Strafhof.
• Militaire ambtenarenzaken.
• Octrooizaken.
• Zaken betreffende het Gemeenschapsmerk.
• Kwekersrecht.
• Gemeenschapsmodelrecht.
• Vreemdelingenzaken; alle andere rechtbanken behandelen vreemdelingenzaken, maar doen dit formeel als nevenzittingsplaats van de rechtbank Den Haag.
• Zaken betreffende de misdrijven omschreven in de Wet internationale misdrijven, behoudens de bevoegdheid van de rechter, aangewezen bij de Wet militaire strafrechtspraak. 
• Verzoeken tot vaststelling van staatloosheid.