Rechtbank Rotterdam wordt geleid door een collegiaal bestuur dat is belast met de algemene leiding, de organisatie en de bedrijfsvoering van de rechtbank. Het bestuur is verantwoordelijk voor het functioneren van de rechterlijke ambtenaren en de gerechtsambtenaren, uitgezonderd de inhoud van de rechterlijke beslissingen en het daarmee samenhangende rechterlijke beleid.
Het bestuur bestaat uit een voorzitter, een rechterlijk en een niet-rechterlijk lid. De voorzitter van het bestuur is een rechter en draagt de titel van president.
Rechtbank Rotterdam heeft twee hoofdlocaties: Rotterdam en Dordrecht. Het bestuur is gevestigd in Rotterdam.