Omdat de weg gedeeltelijk via de A44 zal lopen en zal worden aangesloten op de A4 heeft de minister van Infrastructuur en Milieu ook twee tracébesluiten genomen waarin de aanpassingen aan de twee rijkswegen zijn vastgelegd. Alle bezwaren tegen de tracébesluiten zijn ook ongegrond verklaard.

Veel bezwaarmakers vinden dat de keuze voor de RijnlandRoute is gebaseerd op een onjuiste probleemanalyse. Ze twijfelen aan de verkeersprognoses die aan het gekozen alternatief 'Zoeken naar Balans Optimaal' ten grondslag liggen. Ook zouden alternatieven onvoldoende onderzocht zijn. Hierdoor heeft geen gelijkwaardige afweging van de mogelijkheden plaatsgevonden, aldus de bezwaarmakers.
De Afdeling bestuursrechtspraak is van oordeel dat de overheden de verschillende alternatieven zorgvuldig tegen elkaar hebben afgewogen. Naar het oordeel van de Afdeling bestuursrechtspraak geven de verkeersprognoses een representatief beeld van het toekomstige verkeersaanbod in de regio.

Een groot aantal bezwaarmakers vreest ook nadelige gevolgen van de RijnlandRoute voor hun specifieke situatie. Zo zijn ze onder meer bang voor aantasting van hun woongenot, vermindering van uitzicht en privacy en geluidsoverlast.
De Afdeling bestuursrechtspraak is van oordeel dat de aanleg van de RijnlandRoute weliswaar het woon- en leefklimaat "in enige mate zal verslechteren", maar dat de overheden meer gewicht mochten toekennen aan de belangen die zijn gemoeid met de aanleg van de RijnlandRoute.

In de beroepen van twee bezwaarmakers heeft de Afdeling bestuursrechtspraak een tussenuitspraak gedaan. Op twee onderdelen moet het provinciebestuur het inpassingsplan voor de RijnlandRoute aanpassen. Het gaat om een voorschrift over de verlenging van de tunnel bij Voorschoten en Leiden en over de inpassing van de RijnlandRoute op een perceel aan de Vrouwenweg in Leiden. De beroepen van de overige 42 bezwaarmakers zijn ongegrond verklaard.

Met de aanleg van de RijnlandRoute willen de overheden de verkeersdoorstroming rondom Leiden en Katwijk verbeteren. Het tracé van de RijnlandRoute begint met een nieuwe aansluiting op de A4 ten noorden van recreatiegebied Vlietland. De weg gaat met een tunnel onder de Oostvlietpolder, de Vliet en Voorschoten door. Bij Leiden wordt de weg verdiept aangelegd en aangesloten op een verbrede A44. Van daaruit volgt de RijnlandRoute het eveneens verbrede tracé van de N206 richting Katwijk.