Het gemeentebestuur van Delft verleende in maart 2015 een omgevingsvergunning aan de Protestantse Gemeente Delft voor de bouw van twee kelders onder de Nieuwe Kerk. De eerste kelder komt gedeeltelijk buiten de Nieuwe Kerk te liggen en zal worden gebruikt als multifunctionele ontvangstruimte met een keuken, bergruimte, sanitaire voorzieningen en enkele zalen. De tweede kelder is een uitbreiding van de grafkelder en ligt binnen de Nieuwe Kerk.

Naar het oordeel van de Afdeling bestuursrechtspraak heeft het gemeentebestuur van Delft beslissingsruimte bij het verlenen van deze omgevingsvergunning. Dat betekent dat de bestuursrechter slechts kan toetsen of het gemeentebestuur de omgevingsvergunning in redelijkheid heeft kunnen verlenen. Naar het oordeel van de Afdeling bestuursrechtspraak kan de omgevingsvergunning die toets doorstaan. Het gemeentebestuur heeft de archeologische waarden voorafgaand aan de vergunningverlening onderkend. In de kelder zal onderzoek worden gedaan naar de sporen en structuren van het kerkgebouw en de bewoning. Ook zullen de niet-onderzochte stoffelijke resten worden herbegraven. Daarnaast heeft het gemeentebestuur in zijn afweging volgens de Afdeling bestuursrechtspraak "een zwaarwegend belang kunnen hechten aan het belang en het behoud van de Nieuwe kerk als nationale en internationale toeristische trekpleister voor de gemeente Delft".