Het provinciebestuur heeft in een nieuw onderzoek van april 2014 per beschermde dier- en habitatsoort inzicht gegeven in de gevolgen van de verwachte stikstofneerslag afkomstig van de elektriciteitscentrales. In het onderzoek zijn daarnaast de effecten van zogenoemde natuurbeheermaatregelen op de beschermde dier- en habitatsoorten inzichtelijk gemaakt. Het gaat daarbij om maatregelen zoals het maaien, begrazen, plaggen en verwijderen van struiken, maar ook om het verbeteren van de hydrologische situatie. De effecten van de natuurbeheermaatregelen zijn vervolgens afgezet tegen de effecten van de verwachte stikstofneerslag vanwege de elektriciteitscentrales. Uit het onderzoek blijkt dat de effecten van de natuurbeheermaatregelen voorkomen dat, ondanks de toename van de stikstofneerslag, afbreuk wordt gedaan aan de kwaliteit van de Natura 2000-gebieden. Het provinciebestuur heeft hiermee naar het oordeel van de Afdeling bestuursrechtspraak de vereiste zekerheid gekregen dat de extra stikstofneerslag afkomstig van de elektriciteitscentrales de Natura 2000-gebieden niet zal aantasten.

De procedure over de natuurvergunningen voor de elektriciteitscentrales op de Maasvlakte kent een lange voorgeschiedenis. De Afdeling bestuursrechtspraak vernietigde al in mei 2011 en oktober 2013 twee eerdere besluiten op de bezwaren van de natuurorganisaties tegen de natuurvergunningen. Naar aanleiding van de uitspraak van oktober 2013 moest het provinciebestuur nieuw onderzoek doen. In juli 2014 nam het provinciebestuur voor de derde keer een besluit, nu op basis van het nieuwe onderzoek naar de effecten van de elektriciteitscentrales op de Natura 2000-gebieden. 

GDF Suez (opvolger van Electrabel) heeft aan de Missouriweg op de Maasvlakte in Rotterdam een nieuwe elektriciteitscentrale gebouwd met een capaciteit van 750 megawatt. E.On is al sinds 1975 gevestigd op de Maasvlakte en breidt de productie van de bestaande elektriciteitscentrale aan de Coloradoweg uit met een extra productie-eenheid van 1.100 megawatt. Zowel E.On als GDF Suez wekt elektriciteit op door kolen en biomassa te verstoken. Om de elektriciteitscentrales in gebruik te kunnen nemen, moeten GDF Suez en E.On beschikken over een natuurvergunning, omdat de centrales in de buurt liggen van de Natura 2000-gebieden 'Voornes Duin', 'Solleveld & Kapittelduinen', 'Westduinpark & Wapendal' en 'Duinen Goeree & Kwade Hoek'.