In november 2022 nam de minister een wijzigingsbesluit om de bescherming van habitattypen en ‑soorten in bestaande Natura 2000-gebieden te veranderen. Met die verandering 'corrigeert' de minister de oorspronkelijke aanwijzingsbesluiten van de Natura 2000-gebieden. Dat betekent dat alsnog beschermde habitattypen en -soorten aan de bestaande Natura 2000‑gebieden worden toegevoegd, omdat die op het moment van het aanwijzen van de gebieden al aanwezig waren maar achteraf onterecht nog niet waren aangewezen.   

Tegen het besluit van de minister zijn in heel Nederland veel beroepen ingediend en de beroepen zijn verdeeld over de rechtbanken. De rechtbank behandelde ongeveer 70 beroepen die op dat moment bij haar liepen in maart 2024 op meerdere zittingen. De meeste beroepen zijn van boerenbedrijven, omdat zij bang zijn voor de gevolgen die deze wijzigingen voor hen hebben. Ook de Vereniging Leefmilieu diende een reactie in om te voorkomen dat de verandering van bescherming van de Natura 2000-gebieden door de beroepen van de boerenbedrijven wordt teruggedraaid.  

De rechtbank begrijpt dat de (boeren)bedrijven zich zorgen maken over de invloed van dit besluit op hun bedrijven. Veel van hen realiseerden zich van tevoren niet dat de aanwijzing van de Natura 2000‑gebieden zoveel impact zou hebben op hun bedrijven. Verder voelen de boerenbedrijven een enorme druk van de stikstofproblematiek en vinden zij het onredelijk dat vooral de agrarische sector hier de dupe van lijkt te worden. Benadrukt is dat misschien nog wel het belangrijkste voor de (boeren)bedrijven is dat zij niet weten waar ze aan toe zijn, zodat (bijna) onmogelijk wordt een boerenbedrijf te blijven runnen. Het wijzigingsbesluit is daar voor de boerenbedrijven een goed voorbeeld van, omdat nu blijkt dat eerder aangewezen Natura 2000-gebieden achteraf kunnen worden veranderd en wijzigingen onbeperkt mogelijk lijken. 

De rechtbank vindt het belangrijk om te benadrukken dat deze zaken alleen gaan over de vraag of de minister met dit specifieke besluit habitattypen en -soorten en instandhoudingsdoelstellingen kon toevoegen aan bestaande Natura 2000-gebieden. De rechtbank kan in deze zaken geen oordeel geven over bijvoorbeeld het systeem van de Habitatrichtlijn en de Wet natuurbescherming, besluiten uit het verleden, mogelijk toekomstige wijzigingen van Natura 2000-gebieden, de (oorzaak van de) stikstofproblematiek of de verdeling van de lasten over de samenleving.

In alle uitspraken laat de rechtbank het Wijzigingsbesluit in stand. Dat komt omdat de minister vanuit het Europese recht verplicht is om te zorgen dat (de bescherming van) aanwezige leefgebieden en soorten in bestaande Natura 2000-gebieden klopt. Als op basis van latere of actuelere ecologische gegevens blijkt dat bij de eerdere aanwijzing van de Natura 2000-gebieden soorten of leefgebieden niet zijn opgenomen, is de minister verplicht om die eerdere aanwijzing te corrigeren. Bovendien riskeert de minister anders dat zij het Europese verslechteringsverbod overtreedt. De minister heeft in dit geval met habitattypenkaarten en een deskundigenonderzoek voldoende aannemelijk gemaakt dat de habitattypen en -soorten op het moment van het aanwijzen van de Natura 2000-gebieden al aanwezig waren. 

Wat de minister wel eerder had moeten doen, is de habitattypenkaarten ter inzage leggen bij het ontwerpbesluit. Dat heeft de minister niet gedaan. Toch maakt dit de uitkomst van de zaken niet anders, omdat de habitattypenkaarten in de beroepszaken alsnog voor de (boeren)bedrijven beschikbaar waren, zodat zij daar ruim een jaar op hebben kunnen reageren. Veel van de (boeren)bedrijven hebben dat niet gedaan.

Waar veel eisers het ook niet mee eens waren, is dat zij in het besluit niet konden teruglezen dat naar hun (economische) belangen is gekeken. De rechtbank oordeelt daarover dat bij het toevoegen van habitattypen en -soorten alleen ecologische belangen, en dus geen economische belangen, een rol spelen. 

De uitkomst is dat de (boeren)bedrijven geen gelijk krijgen en het besluit van de minister in stand blijft. Omdat de minister wel de habitattypenkaarten eerder ter inzage had moeten leggen, krijgen veel eisers wel een vergoeding van hun griffierecht en proceskosten.

Een paar van de uitspraken zijn hieronder te vinden.