Telefoons van Encrochat zijn in veel landen gebruikt om versleutelde berichten te versturen aan andere gebruikers van zo’n telefoon. Ze zijn vaak aangetroffen bij personen die van ernstige strafbare feiten werden verdacht. De indruk bestond dat deze telefoons vrijwel uitsluitend werden gebruikt bij het plegen en beramen van ernstige strafbare feiten in georganiseerd verband. Het bedrijf Encrochat wordt daarom verdacht van medeplichtigheid aan die misdrijven.
De server van het bedrijf Encrochat is in 2020 door de Franse politie gehackt. Daarna werden gegevens van de telefoons van de gebruikers gekopieerd naar een server van de politie. Deze gegevens zijn gedeeld met onder met onder meer de Nederlandse politie en via Europol met andere landen. Dat leidde tot veel nieuwe strafzaken in en buiten Nederland. In vrijwel al die zaken is door de verdediging de rechtmatigheid van de verkrijging, overdracht en verwerking van deze gegevens ter discussie gesteld.