Een pluimveehouder uit Sterksel kreeg in 2010 een vergunning voor het houden van ruim 48.000 legkippen en 30 schapen. Bij een bedrijfscontrole in mei 2016 constateerde de gemeente dat er geen kippen maar vleeskuikens werden gehouden. Omdat de gemeente daartegen vervolgens optrad, verzocht de eigenaar van het bedrijf in januari 2017 om een vergunning voor het veranderen van zijn veehouderij. Hij wil kunnen kiezen tussen het houden van zo’n 85.000 vleeskuikens, 60 schapen en 35 paarden in stallen of het houden van ruim 20.000 opfokhennen. De gemeente weest dit verzoek in maart 2018 af. De eigenaar stapte daarop naar de rechtbank.

Ook de vergunningaanvraag van een veehouder in Mariahout werd door de gemeente afgewezen. Hij kreeg in 2002 een vergunning voor het houden van ruim 2.600 vleesvarkens in één stal. In februari 2018 kreeg de veehouder toestemming zijn stalsysteem te veranderen en een loods te bouwen. Zijn aanvraag voor uitbreiding van het aantal varkens wees de gemeente echter af. Ook deze eigenaar stapte daarop naar de rechter.

De 2 gemeenten wezen de aanvragen op grotendeels dezelfde gronden af. Er zouden onder meer te grote risico’s voor de volksgezondheid ontstaan door de blootstelling aan endotoxinen. Dit zijn celwandresten van bacteriën die zich verspreiden als de organismen afsterven. De endotoxinen binden zich aan bacterieresten, stofdeeltjes of waterdeeltjes en kunnen zich zo gemakkelijk in de omgeving verspreiden. Het menselijk lichaam kan op deze endotoxinen reageren.

De gemeenten baseerden hun afwijzing op "Notitie Handelingsperspectieven Veehouderij en Volksgezondheid; Endotoxine toetsingskader 1.0". In deze provinciale notitie staat een advieswaarde voor de maximale blootstelling aan endotoxinen. Die notitie werd opgesteld in afwachting van landelijke regelgeving over de uitstoot van endotoxinen door veehouderijen.

De 2 betrokken veehouders stellen dat de gemeenten de vergunning niet hadden mogen weigeren op basis van deze notitie. De strekking in die notitie is volgens hen geen algemeen aanvaard wetenschappelijk inzicht. Bovendien vinden de veehouders dat de gemeenten de advieswaarde in de afwijzing niet goed hebben onderbouwd.

De rechtbank concludeert dat de grenswaarde voor de uitstoot voldoende is onderbouwd en dat de gemeenten gebruik mochten maken van de notitie. Gemeenten hebben een eigen beoordelingsruimte bij het beslissen op een aanvraag voor een omgevingsvergunning. Deze beoordelingsruimte kan een gemeente ook benutten om de risico’s van uitstoot van endotoxinen te betrekken, ook als er nog geen algemeen aanvaarde wetenschappelijke inzichten over endotoxinen bestaan.