De Dierenbescherming en de Faunabescherming kwamen bij de Afdeling bestuursrechtspraak in hoger beroep, nadat de rechtbanken van Den Haag en Noord-Holland eerder hun bezwaren tegen de ontheffingen ongegrond hadden verklaard. Volgens de organisaties is het doden van damherten niet nodig is en hebben de provincies de keuze voor het doden van de dieren onvoldoende onderbouwd.
De provincies Noord- en Zuid-Holland hebben de ontheffingen verleend, omdat daarmee volgens hen voorkomen wordt dat de damherten schade aan planten en andere dieren veroorzaken. Ook wordt zo het risico op verkeersongelukken verkleind en wordt de damhertenpopulatie daarmee onder controle gehouden, aldus de provincies.

Naar het oordeel van de Afdeling bestuursrechtspraak hebben de provincies de noodzaak van het doden van damherten voldoende onderbouwd. In 2015 ging het om een populatie van 3.765 damherten in beide gebieden. In 2000 waren dat er nog 150. Uit onderzoek blijkt dat het aantal bloemen- en plantensoorten in de gebieden door de begrazing door het grote aantal damherten is afgenomen en dat er in de Waterleidingduinen vrijwel geen reeën meer voorkomen omdat er minder geschikt voedsel voor hen overblijft. De provincies mochten "zich dan ook op het standpunt stellen dat ter voorkoming van schade van flora en fauna een noodzaak bestaat tot het opzettelijk doden van damherten".

Daarnaast hebben eerdere maatregelen van de provincies het aantal aanrijdingen met damherten niet tot een aanvaardbaar niveau teruggebracht. Als er niets gebeurt, zal het aantal aanrijdingen naar verwachting toenemen. De Afdeling bestuursrechtspraak oordeelt daarom dat het nodig is het aantal damherten in het gebied te verminderen om aanrijdingen te voorkomen.

De uitspraken van de Afdeling bestuursrechtspraak betekenen dat de ontheffingen voor het doden van damherten in de Amsterdamse Waterleidingduinen en het nationaal park Zuid-Kennemerland in stand blijven en onherroepelijk zijn geworden.