Tegen zowel het tracébesluit als het bestemmingsplan waren in totaal zestien bezwaarmakers in beroep gekomen. Zij voerden uiteenlopende bezwaren aan, variërend van twijfels over de noodzaak van het Zuidasdokproject tot bezwaren tegen het wegontwerp en over de luchtkwaliteit, de waterhuishouding en de gevolgen voor flora en fauna in het gebied. Ook vreesde een aantal bezwaarmakers ernstige overlast als gevolg van de bouwwerkzaamheden. De Afdeling bestuursrechtspraak heeft deze bezwaren ongegrond verklaard. Voor deze bezwaarmakers is de procedure met deze uitspraak afgerond.

In de beroepen van drie bezwaarmakers heeft de Afdeling bestuursrechtspraak een tussenuitspraak gedaan. In hun geval moet de minister op de aspecten van geluid en verkeersveiligheid binnen zestien weken zich nader beraden en zo nodig een nieuw besluit nemen. Daarna zal de Afdeling bestuursrechtspraak voor deze bezwaarmakers een einduitspraak doen.

Naar het oordeel van de Afdeling bestuursrechtspraak heeft de minister niet duidelijk gemaakt hoe zij de geluidstoename heeft berekend als gevolg van geluid dat reflecteert tussen en onder de brugdelen van de Amstelbruggen. Hierdoor staat niet vast of de beperkte toename waar de minister vanuit gaat, correct is. De minister zal nader moeten onderbouwen wat de precieze geluidhinder is bij de woning en een woonboot van twee bezwaarmakers.

Ook moet de minister motiveren wat de gevolgen zijn voor de verkeersveiligheid nu in het tracébesluit besloten is om een vluchtstrook op de A10 ter hoogte van de woonboot van een bezwaarmaker te laten vervallen. In het eerdere ontwerp van het tracébesluit was die vluchtstrook nog wel opgenomen.
De Afdeling bestuursrechtspraak is bovendien niet overtuigd van de keuze voor het type vangrail voor dit deel van de weg. De minister moet nader onderzoeken hoe groot het risico is dat een zware vrachtwagen door de vangrail rijdt en welk type vangrail nodig is om dat te voorkomen. Aan de hand van de uitkomst hiervan zal de minister zo nodig opnieuw een integrale afweging moeten maken van de gevolgen van het tracébesluit voor de woonbootbewoner.

Ten slotte moet de minister inzichtelijk maken hoe groot het risico is dat een zware vrachtwagen door de vangrail rijdt van de fly-over langs het gebouw De Zuidcirkel en welk type vangrail nodig is om dat te voorkomen. Aan de hand van de uitkomst hiervan zal de minister zo nodig opnieuw een integrale afweging moeten maken van de gevolgen van het tracébesluit bij het gebouw de Zuidcirkel.

Met het project 'Zuidasdok' willen de minister van Infrastructuur en Milieu en de gemeente Amsterdam de bereikbaarheid van de Zuidas en het noordelijke deel van de Randstad verbeteren, zowel met het openbaar vervoer als over de weg. Het tracébesluit regelt de verbreding van de A10 van knooppunt Amstel tot knooppunt De Nieuwe Meer en de ondertunneling van die snelweg ter hoogte van het station. Het bestemmingsplan maakt de openbaarvervoerterminal mogelijk, alsmede de tunneldaken en een verkeersverbinding voor langzaam verkeer ter hoogte van het Beatrixpark.