De rechtbank Amsterdam oordeelde in april 2015 anders. De rechtbank draaide de ontheffing van de Flora- en faunawet terug die de staatssecretaris van Economische Zaken in januari 2014 voor dit onderzoek verleende, omdat onderzoek moet zijn gericht op instandhouding van de soort. De gemeenten wilde juist een ontheffing voor een onderzoek om meeuwenoverlast aan te pakken en daar voorziet de Flora- en faunawet niet in, aldus de rechtbank.

De Afdeling bestuursrechtspraak is echter van oordeel dat de staatssecretaris ook een ontheffing voor onderzoek mag verlenen als dat onderzoek betrekking heeft op de "uitwerking en ontwikkeling van ecologische methoden ter preventie van door vogels toegebrachte schade". Een onderzoek hoeft dus niet altijd de instandhouding van de soort op het oog te hebben, zoals de rechtbank Amsterdam eerder oordeelde. Daarom vernietigt de Afdeling bestuursrechtspraak de uitspraak van de rechtbank Amsterdam.

Een onderzoek mag echter geen afbreuk doen aan de instandhouding van de soort en dat zal met feiten en cijfers aangetoond moeten worden. De staatssecretaris heeft pas tijdens de procedure bij de Afdeling bestuursrechtspraak een berekening ingediend waaruit blijkt dat het onderzoek in Leiden, Haarlem en Alkmaar geen afbreuk doet aan de 'gunstige staat van instandhouding' van de vier meeuwensoorten. Deze berekening ontbrak nog op het moment dat de zaak bij de rechtbank in behandeling was. Daarom heeft de rechtbank het besluit van de staatssecretaris terecht vernietigd. Uit deze berekening blijkt echter dat de desbetreffende meeuwenpopulaties stabiel zijn door het aantal en het broedsucces van meeuwen buiten deze gemeenten. De Afdeling bestuursrechtspraak vindt dat de staatssecretaris zijn besluit daarmee alsnog voldoende heeft gemotiveerd.

Het gevolg van de uitspraak is dat de gemeenten nu toestemming hebben om onderzoek te doen naar maatregelen tegen meeuwenoverlast.

De gemeenten dienden in november 2013 een Plan van aanpak in bij de staatssecretaris van Economische Zaken om gedurende drie jaar onderzoek te kunnen doen naar oplossingen om overlast van meeuwen aan te pakken. Het gaat om de kleine mantelmeeuw, de zilvermeeuw, de stormmeeuw en de kokmeeuw. Oplossingen die worden onderzocht zijn nestbeheer en weren en verjagen van meeuwen. Met de onderzoeksresultaten zullen in de toekomst naar verwachting ontheffingen worden aangevraagd om meeuwenoverlast tegen te gaan en in het belang van de volksgezondheid en openbare veiligheid.