De Europese Commissie heeft in december 2014 besloten om de zogenoemde lijst van gebieden van communautair belang aan te passen. Zij heeft dit gedaan op verzoek van de staatssecretaris van Economische Zaken. Op deze lijst staan gebieden die de Europese lidstaten moeten aanwijzen als Natura 2000-gebied. Door dit besluit hoort de Leenheerenpolder niet meer bij het Habitatrichtlijngebied 'Haringvliet' en hoefde de staatssecretaris deze polder in april 2015 niet aan te wijzen als Natura 2000-gebied.
Volgens de Vereniging Hoekschewaards Landschap is het besluit van de Europese Commissie in strijd met de Europese Habitatrichtlijn en moet de Leenheerenpolder worden behouden als Natura 2000-gebied.

De Afdeling bestuursrechtspraak twijfelt of het besluit van de Europese Commissie in overeenstemming is met de Europese Habitatrichtlijn. Omdat alleen het Hof van Justitie uitsluitsel kan geven over de geldigheid van Europese besluiten, legt de Afdeling bestuursrechtspraak een prejudiciële vraag voor aan het Hof.

De Afdeling bestuursrechtspraak vraagt zich in de eerste plaats af of is voldaan aan de strikte voorwaarden om een gebied de status van Habitatrichtlijngebied te ontnemen. De Europese Commissie stelt in navolging van de staatssecretaris in haar besluit dat in 2004 een "wetenschappelijke fout" is gemaakt bij de aanvankelijke aanwijzing van de Leenheerenpolder als Habitatrichtlijngebied, maar de Afdeling bestuursrechtspraak twijfelt daaraan. 
In de tweede plaats wil de Afdeling bestuursrechtspraak van het Hof van Justitie weten of de ecologische onderbouwing van het besluit van de Europese Commissie voldoet.

De Afdeling bestuursrechtspraak schorst de behandeling van de zaak in afwachting van de antwoorden van het Hof in Luxemburg. Dit duurt naar verwachting ongeveer 1 tot 1,5 jaar. Daarna zal de Afdeling bestuursrechtspraak de behandeling voortzetten en uiteindelijk een definitieve uitspraak doen in deze zaak.