De bezwaarmakers vrezen dat Nederlandse en Duitse Natura 2000-gebieden worden aangetast vanwege het verspreiden van het slib dat door verruiming van de vaarweg vrijkomt. Dat heeft niet alleen nadelige gevolgen voor de waterkwaliteit, maar tast ook het leefgebied van beschermde vogelsoorten aan, aldus de bezwaarmakers. Verder zou het tracébesluit leiden tot een grotere stikstofneerslag op beschermd duingebied, terwijl dat gebied al overbelast is.

De minister heeft in de zogenoemde passende beoordeling en aanvullende onderzoeken de gevolgen van de slibverspreiding onderzocht. Naar het oordeel van de Afdeling bestuursrechtspraak mocht de minister zich op basis van deze onderzoeken op het standpunt stellen dat de slibverspreiding de Natura 2000‑gebieden niet aantast. Zo blijft er voldoende ongestoord water over en zijn in het tracébesluit beperkingen gesteld aan het verspreiden van slib. Er mag bijvoorbeeld geen slib verspreid worden tijdens de ruiperiode van de eider. Op dit punt heeft de Afdeling bestuursrechtspraak het tracébesluit aangepast. Het is niet toegestaan om slib te storten in de ruiperiode die loopt van begin juni tot en met eind september in plaats van begin juni tot en met eind augustus, zoals het tracébesluit aanvankelijk bepaalde. Alle overige bezwaren die tegen het tracébesluit waren ingediend, slagen niet.

Volgens de minister is het nodig om de vaarweg Eemshaven-Noordzee te verruimen om de Eemshaven beter bereikbaar te maken voor schepen met een diepgang tot veertien meter. Hierdoor kan de Eemshaven zich ontwikkelen tot een belangrijk energiecentrum, aldus de minister. In augustus 2011 vernietigde de Afdeling bestuursrechtspraak een eerder tracébesluit voor de verruiming van de vaarweg. Daarna nam de minister een nieuw tracébesluit dat met de uitspraak van vandaag definitief is geworden.