De regeling trad op 3 april 2019 zonder overgangstermijn in werking en bevat bepaalde veiligheidseisen voor schepen die regelmatig drenkelingen aan boord nemen. De Sea-Watch 3 hoefde voorheen niet aan dergelijke eisen te voldoen en kon door de nieuwe regeling per direct niet meer uitvaren.

De rechter is voorbij gegaan aan een aantal argumenten van Sea-Watch. De minister was volgens de rechter wel bevoegd om de regeling uit te vaardigen. De minister heeft ook voldoende gemotiveerd waarom zij de eisen uit oogpunt van de veiligheid van de scheepvaart noodzakelijk acht. Zodoende kan niet worden geconcludeerd dat zij haar bevoegdheden voor een ander doel heeft gebruikt dan waarvoor deze bevoegdheden haar zijn gegeven.

De rechter heeft Sea-Watch wel gevolgd in het standpunt dat de regeling tot stand is gekomen in strijd met de beginselen van behoorlijk bestuur, meer in het bijzonder het rechtszekerheidsbeginsel. Dat is met name het geval omdat onduidelijk is aan welke eisen de Sea-Watch 3 precies moet voldoen.
Zo is een bepaalde code (de SPS-Code) van toepassing verklaard die geschreven is voor nieuwe schepen terwijl de Sea-Watch 3 al 46 jaar oud is. Daarnaast zijn de eisen afhankelijk van het aantal personen aan boord van een schip. Het is onduidelijk hoe hier in dit specifieke geval mee wordt omgegaan. Van te voren is namelijk niet bekend hoeveel personen tijdens reddingsoperaties zullen worden aangetroffen. Ook heeft de Staat qua communicatie niet voldoende consequent en zorgvuldig gehandeld en had zij zich verder moeten inspannen om het overleg op gang te brengen.