Naast het Havenbedrijf is de minister is zelf ook verantwoordelijk, vanuit haar wettelijke taak om toe te zien op de naleving van natuurregelgeving. Haar argumenten om ondanks de overtreding niet tot handhaving over te gaan kan de rechtbank niet volgen. Als het verbieden van de bodemberoerende visserij, waaronder de garnalenvisserij, een positief effect zal hebben, dan moet de minister dat overwegen. De minister wil eerst het overleg met de Europese Commissie over een alternatieve vorm van compensatie afwachten, maar dat vindt de rechtbank niet nodig. De Europese Commissie heeft in 2003 namelijk al gezegd dat compensatie van de Tweede Maasvlakte belangrijk is voor de bescherming van de natuur, en uit de stukken van de minister blijkt niet dat de Commissie daar inmiddels anders over denkt.