De behandeling van zaken is binnen rechtbank Midden-Nederland organisatorisch verdeeld in vijf juridische afdelingen. Daarnaast is er een ondersteunende afdeling bedrijfsvoering. De afdelingen worden aangestuurd door het gerechtsbestuur. De rechtbank heeft twee kantoorlocaties: Lelystad en Utrecht.

De rechtbank wordt geleid door een collegiaal bestuur dat is belast met de algemene leiding, de organisatie en de bedrijfsvoering van de rechtbank.

Civielrechtelijke teams behandelen alle zaken die de wetgever aan de civiele rechter en kantonrechter heeft toebedeeld, met uitzondering van familierechtelijke, Mulder- en strafzaken die onder de competentie van de kantonrechter vallen. De teams houden kantoor in Lelystad en Utrecht.

De bestuursrechtelijke teams behandelen zaken tussen de overheid en burgers of bedrijven. Daarnaast behandelen de teams geschillen tussen overheidsorganen onderling. Veel zaken waarmee de bestuursrechter te maken krijgt gaan over het milieu, ruimtelijke ordening en sociale zekerheid. De teams behandelen ook vreemdelingenzaken en houden kantoor in Utrecht.

De teams strafrecht behandelen strafzaken die worden aangebracht door het Openbaar Ministerie. Het team van de rechter-commissaris houdt zich bezig met dat deel van het strafproces dat aan de openbare terechtzitting voorafgaat. De rechter-commissaris toetst bijvoorbeeld inverzekeringstellingen en inbewaringstellingen, en hoort getuigen in strafzaken. De andere teams behandelen alle strafzaken op openbare terechtzittingen en raadkamerzittingen. Ook zogenaamde Mulderzaken (beroepszaken tegen opgelegde verkeersboetes) worden door de strafrechtteams behandeld. De teams houden kantoor in Lelystad en Utrecht.

De familierechtelijke teams behandelen alle zaken die spelen op het gebied van familierelaties:

• Ondertoezichtstelling
• Uithuisplaatsing
• Bijzondere Opneming Psychiatrische Ziekenhuizen
• Echtscheidingen en aanverwante zaken
• Verdelingszaken
• Erfrecht (dagvaardingszaken)
• Overige familiezaken

Het Bureau Mediation is bij deze afdeling ondergebracht.

Het team toezicht behandelt zaken op het gebied van bewind, curatele, mentorschap, faillissementen, schuldsanering en behandelt verzoekschriften erfrecht. Er is een juridisch team en administratief team, die kantoor houden in Lelystad en Utrecht.

Naast de drie juridische afdelingen kent de rechtbank de afdeling bedrijfsvoering. De afdeling draagt zorg voor het personeelsbeleid, de controlfunctie, bestuurlijke informatievoorziening, communicatiebeleid, kwaliteitsbeleid. Tevens zijn het algemene secretariaat, informatiebalie klachtenfunctionaris, bibliotheek, archief, bodedienst en de beveiliging bij de afdeling bedrijfsvoering ondergebracht.

Het kenniscentrum van alle commissies van toezicht in Nederland is ondergebracht bij de rechtbank Midden-Nederland.