In het andere deel van de zaken zouden zendingen biodiesel aan het douanetoezicht zijn onttrokken door deze uit het douane-entrepot uit te slaan zonder de rechten bij invoer te betalen. Het gaat om 30 zendingen biodiesel, die in Rotterdam zijn overgeheveld in schepen, treinen en vrachtauto's, met diverse bestemmingen binnen de Europese Unie.
De eigenaar van de biodiesel en de opdrachtgever wordt medewerking aan die onttrekking verweten. De betrokken partijen stellen dat wat ze deden mocht, omdat de biodiesel met niet-EU-status mocht worden geswapt (verwisseld) met biodiesel waarvoor wel al rechten waren betaald, of waarvoor geen rechten betaald hoefden te worden. Die biodiesel had dan al EU-status. De toepasselijke douaneregels voor gezamenlijk opslaan in het douane-entrepot zouden dit mogelijk maken.
Het tankopslagbedrijf had een vergunning voor een douane-entrepot met de faciliteit voor gezamenlijke opslag. Dat betekent dat biodiesel met de EU-status samen kan worden opgeslagen en kan worden gemengd met biodiesel met de niet-EU-status. De vraag is of de gezamenlijke opslag per tank geldt of voor alle tanks tezamen. Alle aangesproken partijen bepleitten dat de gezamenlijke opslag geldt voor alle tanks tezamen.