De hoofdregel is dat de provincie bij het verlenen van een vergunning onderzoekt wat de gevolgen zijn van een project voor een Natura 2000-gebied in de omgeving. Dit onderzoek wordt ook wel 'passende beoordeling' genoemd. Zo'n project heeft dan een natuurvergunning nodig. Die vergunning en dat onderzoek zijn niet nodig als een project al bestond voordat het Natura 2000-gebied is aangewezen. De gedachte hierachter is dat de gevolgen van dat project ook al optraden toen het natuurgebied onder de bescherming van de Europese natuurrichtlijnen kwam te vallen door de aanwijzing.
Als zo'n project later verandert of een nieuw project wordt gestart, moet worden gekeken of het Natura 2000-gebied daardoor slechter af is. Daarvoor wordt de verandering vergeleken met de uitgangssituatie. De uitgangssituatie hierbij is de laatste natuurvergunning voor het project of de milieuvergunning met de minst nadelige gevolgen voor het natuurgebied. Bedrijven beschouwen hun oude vergunning(en) als hun 'bestaande rechten'. Als het project na verandering minder nadelige gevolgen heeft dan daarvoor, is voor het project geen natuurvergunning of onderzoek nodig. Dat vergelijken wordt 'intern salderen' genoemd.