Verschillende natuurorganisaties vochten bij de rechtbank besluiten van de minister aan over Rotterdam Airport en Eindhoven Airport. Zij vinden dat de activiteiten van de luchthavens te veel gevolgen hebben voor de natuur en dat daarom een natuurvergunning nodig is. Ook wilden zij dat de minister de luchthavens aan banden legt zolang die vergunning er niet is. De minister stelde dat de luchthavens gebruik konden maken van eerder gegeven toestemmingen zodat geen natuurvergunning nodig was, maar de rechtbank volgt dat standpunt niet.