Het PAS bevat een nieuw beoordelingskader voor activiteiten die stikstofneerslag veroorzaken op nabijgelegen Natura 2000-gebieden. Het gaat daarbij niet alleen om agrarische bedrijven die vee houden, maar bijvoorbeeld ook om de aanleg of verbreding van wegen. Door het PAS zijn per 1 juli 2015 niet langer natuurvergunningen nodig voor activiteiten die minder dan 1 mol per hectare per jaar aan stikstofneerslag veroorzaken. Als meer stikstofneerslag wordt veroorzaakt, dan kan alleen een natuurvergunning worden verleend als daarvoor voldoende "ontwikkelingsruimte" beschikbaar is en het bevoegde bestuursorgaan bereid is die ontwikkelingsruimte toe te kennen.

De Afdeling bestuursrechtspraak heeft op dit moment verschillende zaken in behandeling waarin is aangevoerd dat het PAS in strijd is met de Europese Habitatrichtlijn. Ook zijn er bezwaren tegen enkele technische aspecten van het PAS en het daarbij behorende rekeninstrument AERIUS. De Afdeling bestuursrechtspraak heeft besloten 9 zaken als 'pilot' te behandelen. Het gaat daarbij om zaken over het weiden van vee en het bemesten van gronden waarvoor geen natuurvergunning meer nodig is en om zaken waarbij natuurvergunningen met ontwikkelingsruimte zijn verleend voor agrarische bedrijven. De bedoeling is om de bezwaren tegen het PAS in samenhang te beoordelen, waarbij ook een aantal technische aspecten aan de orde zal komen. De Afdeling bestuursrechtspraak heeft om die reden de Stichting Advisering Bestuursrechtspraak (StAB) in die zaken gevraagd een onafhankelijk deskundigenadvies uit te brengen. De StAB zal tijdens de rechtszitting op 30 november en 1 december 2016 als onafhankelijk deskundige aanwezig zijn.

Zaken die geen deel uitmaken van de pilot, en waar een inhoudelijke beoordeling over het PAS nodig is, worden aangehouden totdat de Afdeling bestuursrechtspraak uitspraak doet in de pilotzaken. In de persagenda die op vrijdag 25 november op de website van de Raad van State wordt gepubliceerd, staat meer informatie over de inhoud van de zaken die de Afdeling bestuursrechtspraak op 30 november en 1 december op zitting behandelt.