In 2012 kreeg het agrarisch bedrijf een natuurvergunning voor het houden van 1.417 vleeskalveren verdeeld over 3 stallen (stal C, D en E). Voor het realiseren van stal E was tot voor de verlening van bovengenoemde omgevingsvergunning nooit een omgevingsvergunning verleend. De stal was tot die tijd dan ook niet gerealiseerd.  Door gewijzigde wetgeving - in verband met nieuwe staltechnieken - is het niet meer mogelijk om stal E te bouwen zoals in 2012 voorzien.

Het college moet vanwege de Wet natuurbescherming en de Habitatrichtlijn bij het verlenen van de omgevingsvergunning beoordelen of het realiseren van de stal met vleeskalveren gewichtige gevolgen kan hebben voor natura 2000-gebieden in de omgeving. De Veluwe ligt op 3,5 kilometer afstand van dit agrarische bedrijf. Het college besloot dat die gevolgen er niet zijn, omdat intern kan worden weggestreept met de nog niet benutte stikstofruimte uit de natuurvergunning uit 2012. Daarom vroeg het college geen verklaring van geen bedenkingen aan het college van gedeputeerde staten van de Provincie Gelderland (de Provincie) voordat zij de omgevingsvergunning verleende. 

De stichting voerde in haar beroepschrift aan dat het college ten onrechte tot de conclusie is gekomen dat intern weggestreept kan worden. Zij vinden dat daarom wel een verklaring van geen bedenkingen was vereist van de Provincie. 

De rechtbank oordeelt dat het college ten onrechte de hele natuurvergunning uit 2012 als referentiesituatie gebruikt voor het intern wegstrepen. De reden hiervoor is dat die natuurvergunning is verleend, zonder dat de gevolgen van stikstofdepositie op de nabij gelegen natura 2000-gebieden van de vergunde activiteit passend is beoordeeld. Dat was destijds op grond van beleid niet nodig was, maar dat beleid is later door de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State onrechtmatig verklaard vanwege strijd met de doelstellingen van de Habitatrichtlijn en de daarmee nagestreefde instandhoudingsdoelstellingen. 

Doordat nu een nieuwe omgevingsvergunning voor de extra stal is aangevraagd ontstaat er voor het college een nieuw beoordelingsmoment aan de doelstellingen van de Habitatrichtlijn. Het college had daarom moeten onderbouwen dat het nu alsnog realiseren van de extra stal geen significante gevolgen kan hebben voor de doelstellingen van de habitatrichtlijn en de daarmee nagestreefde instandhoudingsdoelstellingen. 

Volgens de rechtbank oordeelde het college ten onrechte niet of de aanvraag voorziet in een toe- of afname van stikstofdepositie als alleen de gerealiseerde onderdelen van het project (stal C en D) betrokken worden in de interne saldering. Hierdoor krijgt het college geen zekerheid dat de realisatie van Stal E geen significante effecten heeft op Natura 2000-gebieden. De rechtbank bepaalt daarom dat het college een nieuw besluit moet nemen met inachtneming van deze uitspraak.