De rechtbank is net zoals in eerdere uitspraken en de uitspraken van de Afdeling bestuursrechtspraak van de Raad van State van 7 september 2022 van oordeel dat niet met zekerheid kan worden gezegd dat een emissiearm stalsysteem in iedere stal op dezelfde wijze zal presteren en zal blijven presteren. Dit moet beter worden geregeld in de natuurvergunningen, bijvoorbeeld met voorschriften over het soort veevoer, de oppervlakte per dierplaats of de frequentie van de mestschuif.
De rechtbank heeft de Stichting Advisering bestuursrechtspraak laten onderzoeken of de afwijkende emissiefactor voor jongvee in de IOV wel klopt. Met dit advies en de kritiek van de natuurverenigingen is de rechtbank van oordeel dat te onzeker is of de afwijkende emissiefactor voor jongvee wel klopt. In combinatie met de onzekerheid over de prestaties van de stalsystemen, vindt de rechtbank dat de provincie de afwijkende emissiefactor in de IOV in deze gevallen niet had mogen toepassen. De rechtbank merkt ten overvloede op dat het aan de provincie is om te kijken of de verplichtingen in de IOV, die betrekking hebben op het emissiearm huisvesten van jongvee, wel kunnen worden gehandhaafd.