Veel veehouderijen die hun bedrijf willen wijzigen, vragen toestemming voor de verplicht gestelde emissiearme stallen. Deze stallen zouden moeten leiden tot minder uitstoot van ammoniak en stikstof. Bij de beoordeling van de prestaties van deze stallen gaat de provincie uit van de Regeling ammoniak en veehouderij (Rav). Maar dit is geen regeling op basis van de Wet natuurbescherming. Bovendien zijn er twijfels over de prestaties van veel moderne stalsystemen in meerdere rapporten.
Gelet op deze rapporten is nu niet zeker of een emissiearm stalsysteem in iedere stal op dezelfde wijze gaat presteren en zal blijven presteren zoals genoemd in de regeling Rav. Dit heeft de rechtbank onder andere gezegd over de volgende stalsystemen: een varkensstal met biologische combiluchtwasser, een vleeskuikenstal met stalsysteem E 5.11 en meerdere melkrundveestallen, waaronder stalsystemen A1.28 en A1.13. De rechtbank heeft de onderbouwing voor melkrundveestal A1.13 laten onderzoeken door haar deskundige en dat advies is als bijlage gevoegd bij de uitspraak van 8 april 2022.
Volgens de rechtbank speelt een aantal factoren een rol bij de onzekerheid over de prestaties van de melkrundveestallen, zoals de veevoersamenstelling, de oppervlakte per dier en het stalmanagement. Met aanvullende (bescherming)maatregelen, zoals ander veevoer of meer mestschuiven zou de onzekerheid kunnen worden weggenomen. Deze beschermingsmaatregelen kunnen worden betrokken bij de passende beoordeling zodat een uitgebreid ecologisch rapport niet meer nodig is. Deze maatregelen worden dan vastgelegd in vergunningsvoorschriften. Een veehouder kan er ook voor kiezen om minder dieren te houden dan zou mogen als hij zijn bestaande rechten volledig zou benutten. Hetzelfde oordeelde de rechtbank in zaken over de varkensstallen en vleeskuikenstallen. In een zaak over een omgevingsvergunning voor een varkensstal, verleende de rechtbank zelf een natuurtoestemming met aanvullende voorschriften op basis van een rapport van de Universiteit Wageningen.
Alleen in de Noord-Brabantse omgevingsverordening is een emissiefactor voor vrouwelijk jongvee opgenomen die afwijkt van de Rav. In de uitspraak van 28 oktober 2022 oordeelde de rechtbank dat deze emissiefactor niet goed is onderzocht en daarom niet mag worden gebruikt.