Het primaire proces is ondergebracht bij de teams bestuursrecht (inclusief belasting), civiel recht (inclusief handelszaken, insolventies en IE), familie, jeugd, kanton (Den Haag, Leiden en Gouda) en strafrecht.
Naast deze teams is er een team BO&A. Deze bevat een aantal afdelingen, zoals HRM en communicatie. De teams Facilitair en Front verzorgen de overige ondersteuning.

Het bestuur van de rechtbank Den Haag heeft een Bestuursreglement. Hierin staan nadere regels over onder meer de werkwijze, besluitvorming en taakverdeling van het bestuur, de organisatiestructuur van de rechtbank, de verdeling van zaken over de teams en de verdeling van zaken over de hoofdplaats en de nevenvestigings- en nevenzittingsplaatsen van de rechtbank.

Het bestuur van de rechtbank stelt jaarlijks een jaarplan vast met de voorgenomen activiteiten en een begroting voor het volgende jaar en een meerjarenraming voor de vier daarop volgende jaren. Het jaarplan wordt aan de Raad voor de rechtspraak gezonden.